To, co vidíme nyní, je pouhou rekonstrukcí originální budovy ze 14. století, ve které Jan Hus svými kázáními povzbudil husitské snahy. Po bitvě na Bílé hoře roku 1620 ale kostel převzal řád jezuitů a byl demonstrativně zbourán v duchu nadcházející katolizace. Podle starých grafik, zobrazujících budovu, byla kaple po druhé světové válce zrekonstruována. Dnes je místem, kde absolventi Karlovy university tradičně přebírají diplomy a zárověň i památným místem důležité etapy v české historii.