Kostel postavil známý barokní architect Kilián Dietzenhofer a sloužilo jako místo odpočinku pro staré kněze. Roku 1783 byl uzavřen jako mnoho dalších kostelů během vlády Josefa II., který se snažil vymazat politickou moc katolické církve. Pak byl znovuotevřen ve 30. letech 20. století a zasvěcen dvěma nejvýznamnějším náboženským postavám po Janu Husovi, tedy Cyrilovi a Metodějovi. Kostel byl také posledním úkrytem českých parašutistů, kteří spáchali atentát na Reinharda Heydricha, nacistického protektora Čech a Moravy v době druhé světové války.